Triển khai thực hiện Đề án “Tái cơ cấu ngành nông nghiệp theo hướng nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững” theo Quyết định số 899/QĐ-TTg ngày 10/6/2013 của Thủ tướng Chính phủ, bên cạnh các chính sách của Trung ương đã ban hành như Nghị định 210/2013/NĐ-CP ngày 19/12/2013 về chính sách khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn; Nghị định 55/2015/NĐ-CP ngày 09/6/2015 về chính sách tín dụng phục vụ phát triển nông nghiệp, nông thôn... tỉnh Lào Cai đã ban hành các chính sách khuyến khích phát triển sản xuất nông nghiệp như: 
Quyết định số 55/2013/QĐ-UBND ngày 20/12/2013 về chính sách hỗ trợ việc áp dụng quy trình thực hành sản xuất nông nghiệp tốt trên địa bàn tỉnh Lào Cai giai đoạn 2014-2020;
Quyết định 38/2014/QĐ-UBND ngày 25/9/2014 hỗ trợ phát triển trang trại, cơ sở chăn nuôi công nghiệp, cơ sở giết mổ tập trung, phát triển lâm nghiệp;
Quyết định số 44/2015/QĐ-UBND ngày 25/9/2015 về chính sách đặc thù khuyến khích, ưu đãi đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn trên địa bàn tỉnh Lào Cai, giai đoạn 2015-2020;
Quyết định số 14/2016/QĐ-UBND ngày 08/3/2016 về chính sách phát triển sản xuất nông, lâm nghiệp trên địa bàn tỉnh Lào Cai giai đoạn 2016-2020;
Để phù hợp với tình hình thực tế, đặc biệt là đáp ứng yêu cầu Tái cơ cấu kinh tế nông, lâm nghiệp trên địa bàn tỉnh Lào Cai giai đoạn 2016-2020 theo tinh thần Nghị quyết số 01-NQ/TU ngày 27/11/2015 của BCH đảng bộ tỉnh về 4 chương trình công tác, 19 đề án trọng tâm thực hiện Nghị quyết Đại hội Đảng bộ tỉnh lần thứ XV, nhiệm kỳ 2015-2020. 
Trên cơ sở kế thừa, bổ sung các chính sách hiện có, tỉnh Lào Cai đã ban hành Quyết định 143/2016/QĐ-UBND ngày 20/12/2016 về chính sách khuyến khích phát triển sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp và thủy sản trên địa bàn tỉnh, giai đoạn 2017-2020, tập trung vào hỗ trợ sản xuất hàng hóa, công nghệ cao như:
 - Hỗ trợ trồng, chế biến chè chất lượng cao; sản xuất tiêu chuẩn VietGAP; sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao (Tích tụ ruộng đất; Trồng rau hoa ứng dụng công nghệ cao); 
- Hỗ trợ phát triển các sản phẩm đặc thù của địa phương như: Sản xuất lúa Séng Cù, Khẩu Nậm Xít, nếp Thẩm Dương; Mận Tam Hoa, mận Tả Van, lê VH6, đào Pháp chín sớm; Atiso, Đương Quy, Tam thất, Sa Nhân tím; cây gia vị ớt. 
- Hỗ trợ phát triển lợn Đen bản địa, giống trâu Bảo Yên, giống bò Vàng vùng cao; phòng phòng, chống dịch bệnh; sản xuất giống vật nuôi; phát triển trang trại, cơ sở chăn nuôi công nghiệp, cơ sở giết mổ tập trung;
 - Hỗ trợ Nuôi cá lồng trên sông, hồ chứa;
- Hỗ trợ trồng rừng, bảo vệ rừng, chế biến gỗ rừng trồng.

Chủ trương sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao mới được triển khai thực hiện trên địa bàn tỉnh Lào Cai trong 02 năm gần đây nên một số địa phương còn lúng túng, chưa chủ động xây dựng kế hoạch và tổ chức triển khai thực hiện nguyên nhân do: 
Sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao là lĩnh vực mới nên nhiều địa phương chưa thông suốt, nhận thức về sản xuất nông nghiệp công nghệ cao của một số cán bộ, người dân còn hạn chế, mạng lưới cán bộ còn mỏng, trình độ chưa đáp ứng được yêu cầu; Cấp ủy chính quyền một số cơ sở chưa thực sự vào cuộc, chưa quan tâm nhiều đến nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; Thiếu nguồn lao động kỹ thuật cao, cán bộ kỹ thuật chuyên ngành, chuyên gia có trình độ chuyên môn cao, người sản xuất được đào tạo, bồi dưỡng chưa nhiều.
Bên cạnh đó trên địa bàn tỉnh chưa có đơn vị tư vấn chuyên nghiệp về nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; dịch vụ cung ứng vật tư phục vụ sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao trên địa bàn tỉnh và các tỉnh lân cận chưa hình thành.  Công tác phối hợp tại một số địa phương với các sở, ngành vẫn chưa chặt chẽ, chưa chưa chủ động xây dựng kế hoạch và tổ chức triển khai thực hiện các dự án trọng tâm thuộc Đề án thành phần, chưa đẩy mạnh liên kết bền vững giữa nông dân - doanh nghiệp nên việc mở rộng sản xuất ứng dụng công nghệ cao trong nông nghiệp tại một số địa phương còn chậm. 
Đặc biệt hiện nay, thị trường cơ bản chưa phân biệt được sản phẩm nông nghiệp công nghệ cao nên giá cả thấp, không cao hơn sản phẩm sản xuất thông thường dẫn đến hiệu quả sản xuất công nghệ cao còn thấp, không khuyến khích được đầu tư sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

Tái cơ cấu ngành nông nghiệp là chủ trương đúng đắn, cần thiết, trong bối cảnh quốc tế và trong nước có nhiều biến chuyển như hiện nay; để hòa nhập bắt buộc chúng ta phải cơ cấu, tổ chức lại sản xuất nhằm phát huy hiệu quả tiềm năng đất đai, lợi thế của địa phương, biến những thế mạnh đó thành giá trị cụ thể; đặc biệt với Lào Cai - tỉnh có nhiều điều kiện để phát triển nông nghiệp đặc thù, có tiềm năng du lịch nông nghiệp sinh thái và nằm trên giao lộ ASEAN-Trung Quốc, là cửa ngõ tiếp giáp với thị trường rộng lớn Trung Quốc.
Sau 03 năm thực hiện tái cơ cấu, ngành nông nghiệp tỉnh Lào Cai đã đạt được một số kết quả nổi bật sau: Sản xuất nông nghiệp phát triển ổn định và có bước tăng trưởng cao, bình quân trên 6%/năm; Cơ cấu nội ngành nông nghiệp tiếp tục chuyển dịch đúng hướng, giá trị sản xuất chăn nuôi tăng 7,25% so với năm 2013, chiếm 41,82% cơ cấu ngành nông nghiệp năm 2016. 
Sản xuất nông nghiệp hàng hoá, công nghệ cao được đẩy mạnh thông qua ứng dụng các tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất như: Canh tác lúa cải tiến SRI, xây dựng cánh đồng 01 giống, … Tổng sản lượng lương thực năm 2016 đạt 293,8 nghìn tấn (tăng 23,6 nghìn tấn so với năm 2013) góp phần đảm bảo an ninh lương thực, ổn định cuộc sống cho nông dân nông thôn và công tác xoá đói giảm nghèo của tỉnh; Các dự án sản xuất nông nghiệp hàng hóa tiếp tục được triển khai tích cực hiệu quả, từng bước hình thành các vùng sản xuất hàng hóa tập trung gắn với ứng dụng CNC vào sản xuất như: Lúa chất lượng cao, rau an toàn, dược liệu, cây ăn quả, chè VietGap.... đưa  giá trị sản phẩm trên đơn vị canh tác đạt 56,9 triệu đồng/ha, tăng 12,42 triệu đồng/ha so với năm 2013.
Chăn nuôi phát triển mạnh, mở rộng quy mô, nâng cao chất lượng, hình thành các vùng chăn nuôi tập trung, theo hình thức trang trại, phương thức công nghiệp, sử dụng giống tốt, thức ăn công nghiệp, đảm bảo vệ sinh môi trường và an toàn dịch bệnh (đã có 333 trang trại chăn nuôi, 07 cơ sở chăn nuôi ứng dụng công nghệ cao và hàng ngàn gia trại) đã tác động làm nâng cao năng suất, chất lượng và hiệu quả chăn nuôi. Tăng trưởng đàn đạt trên 2%/năm, chăn nuôi hàng hóa phát triển mạnh, sản lượng thịt hơi tăng 1,8 lần so với năm 2013, đạt 59.202 tấn 2016. Sản xuất chăn nuôi tại chỗ cơ bản đã đáp ứng đủ nhu cầu tiêu dùng của tỉnh và đã có sản phẩm hàng hoá xuất ra ngoài tỉnh; hàng năm xuất bán ra ngoài tỉnh khối lượng lớn gia súc, gia cầm với trên 7.000 con trâu, bò, ngựa và hàng chục ngàn con gia cầm, tổng lượng thịt hơi xuất ra ngoài tỉnh trên 1.800 tấn. 
Đặc biệt Tái cơ cấu ngành nông nghiệp đã được gắn kết chặt chẽ với Chương trình xây dựng nông thôn mới được người dân hưởng ứng tích cực và đã đạt được nhiều kết qủa quan trọng như đã nêu trên, góp phần quan trọng trong xây dựng nông thôn mới trên địa bàn tỉnh; đến hết năm 2016 đã có 28/143 xã hoàn thành NTM, đạt 19,5% (cả nước đạt 25,07%), số tiêu chí bình quân/xã đạt 9,92 tiêu chí/xã (cả nước 13,5 tiêu chí).

Bên cạnh những kết quả đã đạt được trong tái cơ cấu ngành nông nghiệp nông nghiệp, thì những mô hình đầu tư vào sản xuất nông nghiệp sạch, nông nghiệp CNC chưa nhiều, nhiều doanh nghiệp chưa mạnh dạn đầu tư do còn những vướng mắc như: 
- Sản xuất nông nghiệp sạch, nông nghiệp CNC cần vốn đầu tư lớn, giá cả đầu vào không ổn định, tăng cao; biến đổi khí hậu, thiên tai dịch bệnh ngày một khắc nghiệt hơn; địa hình phức tạp cộng với hạ tầng chưa phát triển; nhu cầu tiêu thụ sản phẩm nông sản, thị hiếu tiêu dùng biến động liên tục nên sản xuất nông nghiệp có độ rủi ro cao. 
- Sự bất ổn định của thị trường nông sản, một số sản phẩm phụ thuộc rất lớn vào thị trường Trung Quốc, không ổn định, chưa tìm kiếm được thị trường xuất khẩu sang các nước khác nên có nhiều thời điểm người sản xuất gặp khó khăn rất lớn trong việc tiêu thụ sản phẩm; gia tăng cạnh tranh ngày càng khốc liệt; yêu cầu về chất lượng và an toàn vệ sinh thực phẩm đòi hỏi ngày càng cao, sản phẩm cần phải có thương hiệu, chỉ dẫn địa lý. 
- Thị trường tiêu thụ sản phẩm an toàn, chất lượng cao chưa hình thành rõ rệt, chưa tạo được niềm tin cho người tiêu dùng; đa số người tiêu dùng mới quan tâm đến giá cả của sản phẩm và cảm nhận trực quan, chưa có nhiều sản phẩm để quảng bá, tiêu thụ được chứng nhận sản xuất an toàn.
- Các hình thức liên kết trong sản xuất còn lỏng lẻo, thiếu tính ràng buộc; quy mô, phạm vi liên kết còn nhỏ, người dân và doanh nghiệp chưa sẵn sàng thay đổi theo hướng quy mô lớn, liên kết chuỗi. Đất đai manh mún lại thuộc quyền sở hữu của nhiều hộ dân nên khó khăn cho việc tổ chức sản xuất thành vùng hàng hóa tập trung, trình độ kỹ thuật cũng như nhận thức của người dân còn nhiều hạn chế.